UM Pontianak adalah salah satu dari 178 Perguruan Tinggi Muhammadiyah di Indonesia, yang didirikan pada tahun 1990 oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Kalimantan Barat. Pada awalnya, kegiatan administrasi dan perkuliahan dilaksanakan di Komplek Perguruan Muhammadiyah di Jalan A. Yani Pontianak. Namun, pada akhir tahun 1991, UMP membeli gedung olah raga yang terletak di Jalan A. Yani No. 111 Pontianak, dan seluruh kegiatan administrasi dan perkuliahan dilaksanakan di gedung tersebut setelah dilakukan renovasi termasuk ruangan Perpustakaan.
Saat pendirian, UMP memiliki 3 fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi, Fakultas Pertanian, dan Fakultas Teknik. Pada tahun 1991, UMP mendirikan Fakultas Tarbiyah Jurusan Pendidikan Agama Islam. Kemudian, pada tahun 1996, Fakultas Tarbiyah berubah nama menjadi Fakultas Agama Islam, dan Fakultas Pertanian berubah menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Pada masa ini, ruang perpustakaan masih terbatas dalam satu ruang kelas atau 20m2 sebagai ruang baca.
Pada tahun 2002, FAI mendirikan Program Diploma II Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam (PGTKI) dan ditutup pada tahun 2006 karena UMP mendirikan prodi Diploma II Pendidikan Anak Usia Dini. Pada tahun 2003, UMP mendirikan Fakultas Kesehatan dengan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat. Pada masa ini, ruang perpustakaan diperluas menjadi tiga ruang kelas atau 60m2 dengan tambahan ruang skripsi.
Tahun 2007, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) didirikan karena dua program studi yang diusulkan diberi izin operasional, yaitu Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini (PAUD) dan Pendidikan Kimia, keduanya untuk jenjang strata satu (S1). Pada 2022 ruang perpustakaan diperluas menjadi 92m2 dengan penambahan beberapa ruang khusus yaitu: healing corner dan Muhammadiyah corner. Selain itu saat ini UPT Perpustakaan juga menyediakan internet gratis untuk mahasiswa dan berbagai fasilitas lainnya.